Hace unos veinte o treinta millones de años, cuando se estaba formando el gran Valle de Rift, los materiales derretidos que ascendían a través de las fallas, a lo largo de esa enorme grieta, determinaron la formación de un gran número de volcanes en toda la región, conocida hoy como las Crater Highlands . Mucho más tarde, hace unos millones de años, el monte Ngorongoro alcanzó su altura máxima, 4570 metros aproximadamente, pero dos millones de años después, la actividad geológica desarrollada a lo largo del citado Valle de Rift se desvió hacia el este y, en consecuencia, el monte Ngorongoro y otros volcanes de las Crater Highlands se extinguieron.
Cuando quizás por última vez, el volcán entró en erupción con fuerza repentina, se creó un gran espacio en la cámara de magma subyacente. En consecuencia el cono se fue hundiendo por secciones, derrumbándose al fin más bajo, en una cámara parcialmente vacía. Este hundimiento del moribundo volcán produjo una gran caldera de Ngorongoro: una gigantesca depresión en forma de cráter volcánico.
